《沉默》這則故事，在驚心動魄的傳教、慘烈逼迫之後，最後段落竟出現兩則跟之前故事手法完全不相類的日記題材。

其一是荷蘭商館館員約納遜的日記。

約納遜日記中，記載了日本民間若干人士仍偷偷信仰天主教，他們繼續被迫害，迫害甚慘，連孩子也不放過。可是日記中也記錄，每一次有教徒因信仰受迫害，神父洛特里哥都在場，不停的為信徒奔走，乞求釋放。

日記中也記載勸誘洛特里哥棄教的神父費雷拉，他顯然是有著想讓讓葡萄牙在日本政商勢力中居於上風的企圖，因此不斷以宗教為由刁難荷蘭，幾乎是用出賣宗教的方式抵制荷蘭，成為一個討人厭的告密者，或者是因為這個緣故，日記中談到費雷拉，不用其本名，而用日本名字澤野忠奄，日記中並輕描淡寫的說：「此人黑心。」「為避免麻煩，甚至咒詛此遺忘神之惡漢早日去世，神或許會保佑我等免受嫌疑吧。」

日記筆法一轉，再回一段小說情節的故事敘事後，最後又是天主教住宅官吏日記。

在這段日記中，記載了吉次郎一直跟著蒙特里哥神父，軟弱的跟隨，卻從官方立場，一直「有可疑處」，而後發現他果真有基督像片在身上，而與吉次郎情感甚篤的一橋又兵衛，與蒙特里哥周圍的松井九郎又衛門、壽奄，最終也被查獲仍舊信仰天主教。

我認為遠藤周作最後用日記題材的文學形式，非常的高明。這不僅說明了《沉默》故事絕非完全虛構、是有其歷史背景的；更重要的是，他立刻強制將讀者的近距離情感投射控制住，轉而用抽離而客觀的筆法，讓讀者冷靜理性下來。

的確，讀這樣的逼迫而後棄教的驚心動魄故事，任何人都忍不住會有情感徹底陷入的危機，讀《沉默》這本小說，讀完是會很痛苦、甚至忍不住有些虛無感的，因此非常需要讓情感煞車，轉而理性思想：「上帝真的沉默了？」。因此，若讀者在情感陷入之後，拒絕讀日記題材，也就是說，拒絕讓自己抽離情感強度，用冷靜客觀的心情重新思考，可能會因此忽略掉故事中的暗藏玄機。

兩則日記讓我們知道，因強烈逼迫而棄教，是有兩種結果的。費雷拉棄教後，很顯然的對葡萄牙的熱情遠遠大過信仰，因此政商合作下，寧可幫日本政府逼迫傳教士，也不願荷蘭取得商業利益。

而蒙特里哥呢，他讓信仰繼續偷偷存活著，吉次郎繼續在他身邊，而後他和吉次郎，繼續偷偷的影響著其他的人。上帝信仰歷經重大強烈的逼迫與考驗，從明顯高處潛入地底偷偷的存在，但它仍舊繼續。

兩則日記中間夾雜小說敘事，也是很棒的文學技巧。

這段小說敘事，說明棄教後的蒙特里哥與日本奉行筑後守碰面，筑後守儼然勝利者的姿態，對蒙特里哥說：「五島和生月現在還有許多自稱天主教徒的百姓，不過，奉行所已經不準備抓他們了，因為它的根早斷了，百姓偷偷信奉的上帝，和天主教的上帝已經逐漸分歧，變成莫名其妙的東西！....日本就是這樣的國家。」....

筑後守走後，那最軟弱的吉次郎卻來了。吉次郎渴望告解，但蒙特里哥自覺不配，吉次郎卻哀求著：「若棄教的保羅還有聽告解的能力，就請寬恕我的罪過吧！」蒙特里哥心裡想：「....要裁判的不是人....而且最瞭解我們弱點的只有主....主阿，我恨你一直都保持沉默。」他聽見基督的聲音：「我並非沉默著，是一起受苦。」....，最後，蒙特里哥跟吉次郎說：「在這個國家要是已無可以聽你告解的神父，那我就為你祈禱吧；在告解完後的祈禱....安心的去吧！」

如果信仰繼續潛伏的存在，筑後守說的「天主教信仰的根早就斷了！」指的是什麼？

筑後守聽到的天主教教義是：「救贖不只是依賴上帝，還得信徒要有堅強的意志。」因此他相信逼迫神父和信徒棄教，便是摧毀了天主教的根。

而神父在經歷過棄教後，已經明白了：「我現在要對抗的是我心中的天主教教義....天主教不是你說的那樣....。」

蒙特里哥知道基督的救贖，正是在最軟弱的人身上顯出完全，如果他的意志終於瓦解，也成為棄教之人，上帝仍舊愛他，那麼，吉次郎在上帝眼中也不是無望的。

正是軟弱的經驗，使他終能把信仰化剛為柔的潛伏進地底，他繼續用信仰影響著人，而吉次郎也終於在獲得接納後，繼續擁有信仰，並且也成為影響別人的人。

因此他體會了，上帝的沉默，最終不是沉默，而是「基督正用受苦來陪伴」。

《沉默》小說，對作者遠藤周作個人而言，是信仰思想的邊界，之後他便有了轉折，這在他後來的《深河》中可以看出來。